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À la naissance, les osillons ont un intestin presque stérile, c'est-à-dire dépourvu de toute bactérie. Le microbiote physiologique, c'est-à-dire la population de micro-organismes normalement présents dans l'intestin, commence à se former après la naissance à partir des micro-organismes présents dans le nid et dans l'alimentation des parents. Sur la coquille de l'œuf, il y a aussi des bactéries du cloaque de la mère. S'il y a des bactéries pathogènes dans l'environnement ou si les parents sont des porteurs sains ou malades sous une forme subclinique, ils pourraient transférer leurs agents pathogènes à leur progéniture. Pour cette raison, il peut être utile de créer un environnement riche en bactéries non pathogènes dans le nid avant même l'éclosion des œufs.
D'autres utilisations spécifiques utiles sont: